依地籍清理條例第28條規定，38年12月31日以前登記之抵押權，經登記機關公告塗銷後，其因塗銷登記致抵押權人受有損害者，由土地所有權人負損害賠償責任。故類此抵押權辦竣塗銷登記，該土地所有權人復又處分該土地後，抵押權人或抵押人之繼承人始主張其權利，自應由當初申請塗銷抵押權之土地所有權人擔負損害賠償責任。至其損害賠償責任之請求權，悉依民法規定為之；另賠償之金額宜由兩造當事人自行協調處理。

直轄市、縣（市）主管機關或登記機關辦理公告時，土地建物權利人或利害關係人對公告事項如有異議，應於公告期間以書面並檢附相關證明文件向辦理公告之機關提出。

為澈底清理目前已存在之權利內容不完整或與現行法令規定不符之地籍登記，經釐清權利內容及權屬後，應重新辦理登記；其未能釐清權利內容及權屬者，應予標售或處理。日據時期會社或組合之土地或建物，如經直轄市、縣(市)政府清查地籍並公告受理申請登記之期間，屆期無人申請登記，依地籍清理條例第11條規定，除公共設施用地外，由直轄市、縣(市)政府代為標售。另外，如經申請登記而被駁回，且屆期未提起訴願或訴請法院裁判，或經訴願決定或法院裁判駁回確定者，亦由直轄市、縣(市)政府代為標售。直轄市、縣(市)政府將代為標售土地價金，儲存於保管款專戶，權利人自儲存之日起10年內，得檢附證明文件申請發給土地價金。

土地所有權人依地籍清理條例第28條規定，申請塗銷民國38年12月31日以前登記之抵押權，毋需檢附他項權利證明書、切結書及其印鑑證明，原核發之他項權利證明書應於公告期滿無人異議辦理塗銷登記後，公告註銷。

考量共同抵押土地，如僅就其中一宗或數宗土地為抵押權部分塗銷時，將使共同抵押物減少，除影響抵押權人權益外，亦影響共同抵押人之權益，惟基於本條例第28條規定係為清理民國38年12月31日以前登記遺留至今之抵押權，為達成其立法目的，共同抵押之土地，如僅其中一宗或數宗土地之所有權人依本條例第28條規定，就其所有土地申請塗銷抵押權登記，並切結如抵押權人及其他共同抵押人因抵押權部分塗銷致受有損害，願負損害賠償責任者，得准其單方申請抵押權部分塗銷及抵押權內容變更登記，並配合增訂『地籍清理部分塗銷』及『地籍清理擔保物減少』等二項登記原因標準用語。

為達成地籍清理條例第28條之立法意旨，除分別共有土地，其共有人之一以其應有部分設定抵押權者，當由該設定抵押之共有人或其任一繼承人申請塗銷登記外，就分別共有或公同共有之全部土地設定抵押權者，依法務部97年10月14日法律字第0970034035號函釋准由任一共有人或其任一繼承人依該條規定申請塗銷。

依地籍清理條例第24條規定，神明會申報人於收到民政機關驗印之神明會現會員或信徒名冊、系統表及土地清冊後，應於3年內成立法人，並向地政事務所申辦法人更名登記，或者向地政事務所申辦登記為現會員或信徒分別共有或個別所有。如屆期未向地政事務所申請登記，由直轄市、縣（市）政府囑託地政事務所均分登記為現會員或信徒分別共有。

以神明會名義申報登記之土地未能檢附權利書狀時，現行土地登記規則第67條所列係屬列舉式規定，並無依地籍清理條例第24條規定申請登記，權利書狀未能檢附者情形之適用，故於土地登記規則未修正前仍應依該規則第155條規定，敘明權利書狀滅失之原因，檢附切結書或其他有關證明文件，經登記機關公告30日期滿無人異議後，據以登記。

依據農業發展條例第33條前段規定：「私法人不得『承受』耕地。」又以神明會名義登記之土地，經會員或信徒過半數書面同意成立法人者，申請更名登記為該法人所有，倘該土地為耕地，其本質尚非「承受」耕地，而係相同權利主體之「更名」，故不受上開規定之限制。